Program Studi Matematika didirikan pada Tahun 2002 berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Sulthan Syarif Qasim Pekanbaru No. 19.a/R/2002 Tanggal 28 Januari 2002. Program Studi Matematika didirikan atas kerjasama antara UIN Suska Riau (pada saat itu IAIN Susqa Pekanbaru) dengan Institusi-institusi Pemerintahan, Politeknik Caltex Riau, Universitas Riau dan PT. CPI (sekarang PT. Chevron). Berdasarkan kurikulum dan penyajian kuliahnya dapat dikatakan bahwa Matematika merupakan jembatan yang menghubungkan ilmu alam dan teknik termasuk ekonomi, serta ilmu-ilmu sosial lainnya. Program Studi Matematika bertujuan membentuk ahli-ahli Matematika yang berkemampuan dalam hal perencanaan, pemrograman, analisa, quality control, dan penyusunan data.
Semenjak berdirinya, Program Studi Matematika telah beberapa kali berganti pimpinan. Adapun pergantian Ketua Program Studi setiap periodenya adalah:
| Periode | Jabatan | Nama |
| 2002 – 2003 | Ketua | Drs. Hery Ginanjar |
| Sekretaris | Dr. Mashadi, M.Si | |
| 2003-2004 | Ketua | Dr. Mashadi, M.Si |
| Sekretaris | Kartini, S.Pd, M.Si | |
| 2004-2006 | Ketua | Dr. Mashadi, M.Si |
| Sekretaris | Yuslenita Muda, S.Si | |
| 2006-2009 | Ketua | Rado Yendra, M.Sc |
| Sekretaris | Ari Pani Desvina, S.Si | |
| 2009-2012 | Ketua | Yuslenita Muda, M.Sc |
| Sekretaris | Sri Basriati, M.Sc | |
| 2012 – 2014 | Ketua | Sri Basriati, M.Sc |
| Sekretaris | Ari Pani Desvina, M.Sc | |
| 2014 – 2018 | Ketua | Ari Pani Desvina, M.Sc |
| Sekretaris | Mohammad Soleh, M.Sc | |
| 2018 – 2021 | Ketua | Ari Pani Desvina, M.Sc |
| Sekretaris | Fitri Aryani, M.Sc | |
| 2021 – 2025 | Ketua | Wartono, M.Sc |
| Sekretaris | Nilwan Andiraja, M.Sc |
Website : https://math.uin-suska.ac.id