Fakultas Sains dan Teknologi didirikan pada akhir tahun 2001 sebagai persiapan perubahan status dari Institut Agama Islam Negeri Sultan Syarif Qasim (IAIN SUSQA) Pekanbaru menjadi Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau (UIN Suska) Riau. Cikal bakal berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi bermula dibukanya Jurusan Teknik Informatika pada tahun 1999 dan jurusan Teknik Industri pada tahun 2001. Kedua jurusan tersebut berada di bawah naungan Fakultas Dakwah. Dengan adanya kedua jurusan tersebut , maka dibentuklah Fakultas Sains dan Teknologi dengan:

  1. SK Rektor nomor: 163/R/2001 tertanggal Desember 2001
  2. Undang-undang nomor 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional (Lembaga Negara Tahun 2003 Nomor 78)
  3. Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 2 Tahun 2005 tentang Perubahan IAIN Sultan Syarif Qasim Riau.
  4. Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 8 tahun 2005 tentang susunan organisasi dan tata kerja UIN Suska Riau.
  5. SK Dirjen BAGAIS nomor: DJ.II/26/2006 tertanggal 20 Februari 2006 tentang izin penyelenggaraan Program Studi jenjang S1.

Pada tahun 2002, dibentuk Jurusan Sistem Informasi dan Matematika Terapan, kemudian pada tahun 2003 dibentuk Jurusan Teknik Elektro dengan program studi Teknik Elektronika dan Telekomunikasi. Latar belakang pendirian Fakultas Sains dan Teknologi beserta jurusan-jurusannya adalah untuk merespon kebutuhan dunia usaha dan industri yang ada di Provinsi Riau, serta dalam rangka mengantisipasi pengaruh globalisasi dunia.