Fakultas Sains dan Teknologi didirikan pada akhir tahun 2001 sebagai persiapan perubahan status dari Institut Agama Islam Negeri Sultan Syarif Qasim (IAIN SUSQA) Pekanbaru menjadi Universitas Islam Negeri Sultan Syarif Kasim Riau (UIN Suska) Riau. Cikal bakal berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi bermula dibukanya Jurusan Teknik Informatika pada tahun 1999 dan jurusan Teknik Industri pada tahun 2001. Kedua jurusan tersebut berada di bawah naungan Fakultas Dakwah. Dengan adanya kedua jurusan tersebut , maka dibentuklah Fakultas Sains dan Teknologi dengan:
Pada tahun 2002, dibentuk Jurusan Sistem Informasi dan Matematika Terapan, kemudian pada tahun 2003 dibentuk Jurusan Teknik Elektro dengan program studi Teknik Elektronika dan Telekomunikasi. Latar belakang pendirian Fakultas Sains dan Teknologi beserta jurusan-jurusannya adalah untuk merespon kebutuhan dunia usaha dan industri yang ada di Provinsi Riau, serta dalam rangka mengantisipasi pengaruh globalisasi dunia.